İlhanlılar döneminde yaşanan savaşlar sırasında Kürtlerin pek fazla adı geçmez. Cihanküşa tarihine göre, Moğollar döneminde Kürdistan eyaleti ünlü komutan Nevruz'un babası Ergün Ağa tarafından yönetiliyordu. Bu durumdan anlaşıldığına göre, Kürtler, Eyyubiler döneminde savaş ve cesaret açısından zirveye çıkmış olsalar da, bu dönemde dağlara ve vadilere çekilerek felaketin geçmesini bekliyorlardı. Çünkü aralarındaki ittifak eksikti, bu nedenle güçlerini birleştirip Selahattin gibi bir komutan etrafında birleşerek bir direniş kurmaları mümkün değildi. Bu yüzden, Harzemşahların Celalettin komutasındaki ordusu ve Moğol istilası karşısında direniş gösteremediler. Ardından Tatar akınları başladı. Bütün bunların temel nedeni, Kürtler arasında yaşanan bölünmüşlük, birbirlerine yardım etmemeleri ve yabancılara karşı dayanışma göstermemeleriydi.
Bu acı durumdan dört yıl sonra, 1257'de Hülagü'nün felaketi Kürdistan ve Irak'ı etkisi altına aldı. Moğol öncü kuvvetlerinin komutanı, ünlü emir Çoban’ın babası Malik bin Tudan, Hemedan ve İran Kürdistanı'na saldırarak, Bahar Kalesi'ni de dahil olmak üzere her iki eyaleti fethetti. Aynı yıl içinde Hülagü Bağdat'a yürüdü ve yolu üzerindeki Kirmanşah şehri büyük can ve mal kaybına uğradı. Gerçekleştirilen yıkım oldukça korkunçtu. Ayrıca, başka bir Moğol birliği Erbil’e yöneldi ve şehir kuşatılmaya başlandı. Bu sırada, şehirdeki Tacüddin Salaba adlı bir hakim, Moğollara teslim olup itaat etmeyi düşünüyordu. Ancak kalenin muhafızları buna karşı koydu. Kalenin muhafızları Kürtlerden oluşuyordu ve büyük bir direniş gösterdiler. Ancak bu gelişmelerin ardından, Musul’un hakimi Bedrettin Lulu, Erbil Kalesi'ni kuşatan Moğollarla ittifak yaptı ve kısa süre içinde kale Moğolların eline geçti.
Abbâsî halifeliğinin yıkılmasının ve Batı’nın düşmesinin ardından, Şehrezor halkı ve diğer yerleşim yerlerinden insanlar, yurtlarını terk edip Mısır’a göç etmek zorunda kaldılar. Cezayir’deki Ladin ve Badin adındaki iki Kürt aşiretinin varlığı da bu göçler sonucunda ortaya çıkmıştır.
1259 yılında Hülagü, Tebriz’den Suriye’ye doğru hareket etti. Moğol askerleri, Suriye’ye doğru ilerlerken, Hakkari’yi yeniden yıkıp yakarak halkı katlettiler ve mallarını yağmaladılar. Yaptıkları tahribat, uygarlığın izlerini silmek adına büyük bir yıkım anlamına geliyordu. Moğollar, Cizre, Diyarbakır, Meyafarkin, Mardin gibi şehirlerde gerçekleştirdikleri yıkımlarla tarif edilemeyecek derecede büyük zararlara yol açtılar. Bu arada, Moğollara teslim olan ve onlara sadık kalan Musul hükümdarı Bedrettin Lulu'nun ölümünün ardından yerine oğlu Melik Salih geçti. Ancak kısa süre sonra, Melik Salih, kardeşinin tavsiyelerine uyarak Musul'u terk etti ve Mısır hükümdarının himayesine girdi. Bu durum, Cizre’den bir ordu gönderilerek Musul üzerine sefer yapılmasına neden oldu. Kürtler, Şullalar ve Türkmenlerden oluşan muhafızlar, Alemuddin Sancar’ın komutasında büyük bir direniş göstererek Moğollarla savaştılar.
Kürtler, Suriye’de de Moğollarla savaşa girdiler; çünkü Moğollar aleyhine mücadelede sultanların yanında yer aldılar. Mürsel Sultanı Baybars, Moğolların komutanı Han Berke’ye yazdığı mektupta, Türkler, Kürtler ve Araplardan oluşan ordusuyla övünüyordu. 1281’deki başka bir harekâtta ise, Moğollar yenildikten sonra, İslam emirlerinden biri, Kürtlerle birlikte bir grup Kürt’ü Kilikya-Adana bölgesine gönderip yerleştirdi. İronik bir şekilde, iki yoğun düşmanlık içinde savaşan Moğollar ve Kürtler arasında, Fars bölgesinde yaşayan Kürtler, Moğollarla ittifak kurarak onların savaşlarına katıldılar. 1306 yılında Olcayto Han döneminde, Gilan’ı istila eden Moğol ordusunun büyük çoğunluğunu Kürtler oluşturuyordu. Buna rağmen, Kürt Rahpe aşiretinin lideri Bedrettin, 1312’deki savaşlarda Moğollara karşı büyük bir direniş gösterdi.
Bu dönemde Kürt bölgeleri, Moğol emirlerinin egemenliği altındaydı; ancak pek çok bölgede sürekli huzursuzluk ve isyanlar vardı. Özellikle Erbil ve Musul çevresinde kargaşa devam ediyordu. Moğol ordusunda 'Kayacı' adında bir Hristiyan grup vardı ve bu grup, Erbil Kalesi muhafızları arasında yer alıyordu. Bir gün, Zeyneddin Balu liderliğindeki bu grup, Kürtler ve Araplarla ittifak kurarak Moğollara karşı isyan etti. Bu isyan, 1297’de başladı ve yaklaşık on üç yıl sürdü. Sonrasında Moğollar, Kayacılara büyük zorluklarla Elbir Kalesi’nden çıkmalarını sağladı. Ancak Kürtler, istilacılara karşı korktukları için bu Hristiyanlara yardım etmekten kaçındılar. Bu dönemde İlhanlı hükümdarı Gazan Han, Kürtleri, Emir Nevruz’u desteklemeleri nedeniyle hedef aldı. Bunun sonucunda, Kürtlerin bölgeleri yeniden yakıldı, malları yağmalandı ve yaklaşık 50.000 kişi öldürüldü. El-Irak Beyn el-İhtilaeyn adlı eserde, katliam ve yıkımın o kadar korkunç olduğu belirtilir ki, bir buzağı beş dirheme, bir koyun bir dirheme ve genç bir delikanlı on iki dirheme satılıyordu. Ayrıca, Moğol kralı Hudabende’nin Gilan’daki Kürtlere saldırısında büyük bir yenilgi aldığı ve ordu komutanı Kutluk Şah’ın öldüğü ifade edilir; Gilan sultanı Şemsettin Dubac, Şah’ı kendi elleriyle öldürmüştür.
Erbil ile Merağe arasındaki bölge, düz ve yeşil olup Moğol ordusunun dinlenmesi için ideal bir yerdi ve askeri manevralarının çoğu burada yapılıyordu. Özellikle Eşne ve Sablağ bölgelerinin egemenliklerinde bu yerler, onlar için önemli bir güzergâhtı. Olcayto Han döneminde, Kürdistan’ın başkenti Bahar Kalesi’nden Sultanabad’a taşındı çünkü bölge büyük bir tahribata uğramıştı. Nüzhet el-Kulub adlı eserde, bölgenin Selçuklular dönemindeki zenginliğinden övgüyle bahsedilir ve Moğollar döneminde bölgenin gelirinin on kat azaldığı belirtilir.
İlhanlı Devleti’nin çöküşüyle, iki Moğol ailesi egemenlik için çatışmaya girdi. Bu ailelerden biri Salduz, diğeri ise Celayir olarak biliniyordu. 1337’de, Moğol yönetimindeki bölge, bu iki aile arasında paylaşıldı. Bu bölüşümle, İran Kürdistanı ve Huzistan Salduz ailesinin egemenliğine geçti ve 1382-1383 yıllarında Emir Bayezid Celayiri, Irak’ta geniş bir krallık kurdu.