1970’lerde otonomi tanınmış olsa da, bölge halkı Irak gibi ülkelerle karşılaştırıldığında demokratik özgürlükleri elde edemediği için bu durum kabul görmemiştir. 1991’deki isyanın ardından, Saddam Hüseyin’e karşı, Fars İç Savaşı'nın sonunda bölgedeki durum değişmiştir. Birleşmiş Milletler Güvenlik Konseyi’nin 688 sayılı kararı, Kürt mültecilerinin güvenliğini sağlamak amacıyla bölgeye güvenli bir bölge kurulmasını öngörmüştür. Amerika Birleşik Devletleri ve Koalisyon güçleri, Güney Kürdistan’ın büyük bir kısmında uçuşa yasak bölge kurmuş, ancak Süleymaniye, Kerkük ve diğer önemli bölgeler bu yasaklardan muaf tutulmuştur.
1
Irak ile Kürt güçleri arasındaki çatışmalar devam ederken, 1991 yazında, Irak hükümeti, tüm askeri ve sivil personelini bölgeden çekmiş ve Güney Kürdistan’ı fiilen bağımsız bırakmıştır. Bu gelişme sonrasında, bölge, Kürtlerin iki ana partisinden olan Kürdistan Demokrat Partisi (KDP) ve Kürdistan Yurtseverler Birliği (YNK) tarafından yönetilmeye başlanmıştır. Aynı dönemde, Irak, bölgedeki petrol ve ekonomik kaynaklar üzerinde sıkı bir denetim kurmuş ve bölge halkının gıda temini zorlaşmıştır. 1992 yazında yapılan seçimlerde, KDP ve YNK arasında parlamento üyelikleri neredeyse eşit bir şekilde paylaşılmıştır. Bu dönemde, iki kez ambargo uygulanmış, biri Birleşmiş Milletler tarafından Irak’a, diğeri ise Saddam Hüseyin tarafından Güney Kürdistan’a getirilmiştir. Bu ambargolar, bölgedeki Kürt halkını ciddi şekilde etkilemiştir. Ekonomik zorluklar nedeniyle, KDP ve YNK arasında, kontrol ve ticaret yolları üzerinde gerilimler artmıştır.
2
1993 yılının sonlarına doğru, YNK ile KDP arasındaki ilişkilerdeki gerilimler daha da artmış ve bu durum tehlikeli bir hale gelmiştir. 1996’da, Irak’ın petrol satışlarının %13’ü Güney Kürdistan’a aktarılmaya başlanmış ve bu durum bölgedeki nispi barışı sağlamıştır. Birleşmiş Milletler’in doğrudan müdahalesi ve 1998 yılında Washington Anlaşması’nın imzalanmasıyla, her iki taraf arasında ticaret yolları ve petrolle ilgili önemli adımlar atılmıştır. Ayrıca, 1997 yılından itibaren başlatılan Petrol ile Gıda Programı, iki taraf arasındaki gerginliklerin azalmasına yardımcı olmuştur.
3
4
5
Güney Kürdistan halkı, Irak savaşında önemli bir rol üstlenmiştir. Kürt partileri, 2003 yazında Saddam Hüseyin rejimine karşı birleşerek güçlerini bir araya getirmiştir. Kürt askeri güçleri, 'Pêşmerge' adıyla tanınmakta olup, Saddam Hüseyin rejimine karşı belirleyici bir rol oynamıştır. Ancak, o dönemde Kürtler, Suriye’nin Beşşar el-Esed yönetimiyle ilgili daha temkinli davranmış ve mezhebi çatışmalara dahil olmamayı tercih etmiştir. Irak’ın yeni anayasası 2005 yılında kabul edilerek, Irak, bölge ve illerle oluşturulmuş bir federasyon olarak tanımlanmıştır. Kürdistan Bölgesi'nin yönetimi, Hewler, Süleymaniye ve Duhok illerinden oluşmaktadır. Hem Kürdistan Bölgesi hem de 1992 yılından itibaren Kürdistan Bölgesi Hükümeti tarafından çıkarılan yasalar geçerlidir. Ancak, 2015 yılına kadar yeni bölgeler kurulmamış ve Kürdistan Bölgesi Hükümeti, yalnızca Irak sınırları içindeki bölgesel hükümet olarak varlığını sürdürmüştür.
Saddam Hüseyin rejiminin devrilmesinin ardından, YNK lideri Celal Talabani, Irak’ın yeni cumhurbaşkanı olurken, PDK lideri Mesud Barzani de Kürdistan Bölgesi Hükümeti'nin ilk başkanı olmuştur. 2014 yılında, Suriye ve Irak’taki DAİŞ’in yükselmesiyle, Güney Kürdistan, DAİŞ’in saldırılarından etkilenen bölgelerden biri haline gelmiştir. Musul, Kerkük ve Şengal gibi şehirler DAİŞ tarafından ele geçirilmiştir. DAİŞ’in Şengal’i ele geçirmesinin ardından korkunç olaylar yaşanmıştır. DAİŞ’in saldırıları sonucu, binlerce insan Şengal Dağları’na sığınmış, binlerce Êzîdî Kürt, DAİŞ tarafından öldürülmüş ve yaklaşık 6 bin kadın ve çocuk kaçırılmıştır. Bu insanlar, DAİŞ tarafından ilerleyen günlerde pazarlarda satılmak üzere zorla alıkonulmuş ve alıkonulan kadınlar, çocuklar ve diğer Kürtler büyük bir trajediyle karşı karşıya kalmıştır.